温州市基督教协会，成立于1983年12月10日，2013年9月30日经温州市基督教代表大会选举，产生温州市基督教协会第五届委员会。该会是温州市基督教全市性教务组织，按照《温州市基督教协会章程》开展活动。其宗旨是：遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚。坚持自治、自养、自传，独立自主自办教会的原则，团结和带领全市所有信奉上帝、承认耶稣基督为主的基督徒，走爱国爱教、荣神益人的道路；遵照圣经制订和完善我市教会规章制度，办好教会，引导温州市基督徒在促进经济社会发展中发挥积极作用。其任务是：积极开展神学思想建设；为全市各地教会在圣工上提供服务；坚持联合礼拜，并主张在信仰观点和礼仪上互相尊重，该会接受业务主管单位温州市民族宗教事务局和社团登记管理机关温州市民政局的业务指导和监督管理。该会与温州市基督教三自爱国运动委员会合称为“温州市基督教两会”。温州市基督教代表会议由本会常务委员会与温州市基督教三自爱国运动委员会常务委员会联合主持召开，每五年举行一次。